Lo más habitual y que queda contablemente más correcto (es lo que suelen recomendar los contables) es corregir esta diferencia de importe simulando un pago mediante caja.

Para ello, accedemos a la factura, vamos a la pestaña vencimientos y ponemos el pago en manual.
Creamos 2 vencimientos: uno indicando el valor del importe real pagado al proveedor, y otro indicando la diferencia.

De esta forma podemos dar por pagada la factura de la forma habitual, y el pago de la diferencia lo podemos dar por pagado "En efectivo" por "Caja".

Nota:

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Cuando el importe pagado es inferior al indicado en la factura, indicamos el valor de la diferencia en positivo. Si el importe pagado es mayor que el indicado en la factura, indicaremos este valor en negativo para compensar la diferencia.

En el caso de no llevar la contabilidad existen otras soluciones más rápidas y sencillas:

1) La opción más fácil sería ignorar esta diferencia entre el importe indicado en la factura y el importe pagado al proveedor.
Así pues, solo daríamos por pagada la factura.

2) Otra opción sería acceder a la factura, ir a la pestaña vencimientos, y pasar el vencimiento a manual para poder modificar el valor e indicar el importe final/real que hemos pagado al proveedor.

Nota:

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En este último caso, al salir de la factura se mostraría un aviso indicando que el importe de la factura no se corresponde con el del vencimiento.